Vindo de Feira de Santana, cidade do interior baiano, chegou a Salvador para atuar nas categorias de base do Bahia, mas teve uma passagem de dois anos pelo maior rival do clube, o Vitória, entre 1992 e 1994, retornando ao tricolor em seguida. Foi promovido ao time profissional anos depois, se firmando como titular em 1999, após a contusão do então titular Bebeto Campos. Despontou de vez no cenário nacional durante a Copa João Havelange, em 2000.

 

Foi contratado então pelo Cruzeiro, onde ficou por duas temporadas. Teve uma passagem rápida pelo Lokomotiv Moscou, e foi emprestado ao Corinthians, que buscava um camisa 10.[6] Na decisão do Campeonato Paulista daquele ano, contra o São Paulo, marcou dois gols.

 

Voltou para a Rússia, mas depois de um ano foi novamente emprestado, desta vez ao Internacional de Porto Alegre, pelo qual conquistou a Copa Libertadores da América de 2006. Logo depois dessa conquista, foi vendio pelo time russo ao Betis.

 

No início de 2007 foi emprestado ao São Paulo, que o contratou em definitivo no final do ano. Pelo clube, conquistou dois Campeonatos Brasileiros, sendo sempre destaque no meio-campo.

 

No dia 8 de setembro de 2010, completou 200 jogos com a camisa do Tricolor, na vitória por 2 a 0 sobre o Flamengo, dando uma assistência para o segundo gol do jogo, marcado por Fernandão.

 

No final de 2010 assinou com o Kashiwa Reysol por duas temporadas.

 

Em 2011 foi campeão da J-League pelo Kashiwa Reysol. Apesar dos rumores de que voltaria ao Brasil, em 2012, faltando mais um ano para que o seu contrato com o clube japonês se encerrasse, Jorge Wagner renovou seu vínculo até o final de 2014.

 

No final de 2013 Jorge Wagner assinou com o Botafogo por duas temporadas. Jorge Wagner demonstrou interesse de defender o clube pela tradição do clube e pela vontade de jogar a Libertadores.

 

Na sua estreia com a camisa do Botafogo pelo campeonato carioca fez um dos gols, de falta no 2 a 1 contra o Madureira em São Januário.

 

Em 24 de julho de 2014, o jogador acertou a rescisão de seu contrato com o Botafogo, que vencia no fim de 2014, e vai retornar ao futebol japonês. Ele vai firmar um vínculo de dois anos de duração com o Kashima Antlers, que tem como treinador o brasileiro Toninho Cerezo.[8] Entrou em acordo com os dirigentes e definiu a sua saída de forma amigável.

 

Seis meses depois, não conseguindo se firmar em seu retorno ao futebol japonês (foram apenas oito jogos disputados), e alegando o desejo de retornar ao Brasil junto à sua família, acertou a rescisão de seu contrato para atuar pelo Vitória, sendo oficializado pelo rubro-negro baiano no dia 20 de janeiro. Marcou seu primeiro gol na 2ª rodada do Campeonato Baiano, numa vitória por 2 a 0 sobre o Serrano.